É a Receita Federal que recebe os impostos de Renda dos contribuintes, tanto das empresas quanto das pessoas físicas, controlam as importações, entre outras coisas.
Se ao cruzar todos os dados, a Receita Federal encontrar alguma irregularidade na declaração, ela notifica os responsáveis para prestar esclarecimentos sobre o que está acontecendo.
Caso não haja uma explicação plausível e uma retificação do erro, as pessoas físicas poderão ter o seu CPF cancelado e as empresas poderão sofrer consequências severas, que vão desde a proibição de participar de alguma concorrência pública para prestar serviços ao governo, até o indiciamento por sonegação de imposto, o que seria devastador para a empresa.
Pelo fato de que as cobranças das taxas e dos impostos serem muito complexos, não é raro que as empresas terceirizem o setor contábil, deixando assim tudo na mão de outras pessoas, e quando elas são notificadas, casa haja algo errado, os responsáveis pela empresa são pegos de surpresa.
Uma boa forma de acompanhar a situação da empresa é verificar periodicamente o status do CNPJ da empresa no sita da Receita Federal. A consulta é gratuita.